肥料的施用主要包括氮、磷、鉀復合肥、有機肥和微肥。鑒于這些肥料的應用，不同的土壤環境需要制定不同的施肥方案，這就要求農民放棄基于經驗的傳統施肥方式。采用先進的土壤測試配方技術，引進肥料有機質檢測儀等土壤測試設備，開展土壤測試工作。
科學研究表明，不同生育期有機蔬菜對土壤氮、磷、鉀及微量元素的施用量不同。如果氮肥施用過少，可能會引起病蟲害。如果施用過少，可能會導致土壤養分供應不足。因此，在有機蔬菜的整個生長周期中，檢測土壤中的養分是非常必要的。目前，肥料有機質檢測儀能夠準確檢測土壤中的氮、磷、鉀、微量元素和pH值等指標，逐漸擴大了對農業殘留物的檢測范圍。
現階段，越來越多的有機蔬菜生產基地開始引進肥料有機質檢測儀，這不僅可以有效改變傳統的農民憑借經驗進行測土施肥的方式，避免因為施肥不均衡而導致的土壤污染問題，在加強農業生產中的各項工作的相互協作，同樣具有重要的積極意義。
長期耕作，對磷的需求量將大大增加，對氮的需求量將減少，此時，有必要增加磷鉀肥的用量，控制氮肥的施用量。如果在瓜果結果后，需要再次施肥，以后每次都需要施肥。在生育期中后期應適當控制鉀肥，以促進無性運動從葉到根的同化，從而形成肉質主根。過多的氮鉀肥不足，會使地上生長，根際變小，產量下降。
